Στην πρώτη αίθουσα του μουσείου παρουσιάζονται ευρήματα από οικιστικά σύνολα, εργαστήρια, θρησκευτικούς και αποθηκευτικούς χώρους εσωτερικά και εξωτερικά της ακρόπολης, μεταξύ των οποίων ξεχωρίζουν οι τοιχογραφίες και τα πήλινα είδωλα του Θρησκευτικού Κέντρου. Στη δεύτερη αίθουσα εκτίθενται ευρήματα από τα πολυάριθμα νεκροταφεία θαλαμοειδών τάφων που έχουν βρεθεί στην περιοχή και από τον Ταφικό Κύκλο Β, καθώς επίσης και αντίγραφα από τον Ταφικό Κύκλο Α. Στην τρίτη αίθουσα παρουσιάζονται ευρήματα από μνημειακά σύνολα των ιστορικών χρόνων, μεταξύ των οποίων ξεχωρίζουν τα αφιερώματα των ιερών του Άρη και του Αγαμεμνόνειου. Η έκθεση κλείνει με τη θεματική ενότητα των επιτευγμάτων του μυκηναϊκού πολιτισμού, όπου μέσω των ευρημάτων προβάλλονται πτυχές της μυκηναϊκής κοινωνίας, όπως το εμπόριο, η θρησκεία, η τέχνη και η γραφή.